Rahmenhandlung
Die Rahmenhandlung von Assassin's Creed Unity beschränkt sich auf wenige Szenen und dreht sich vor allem um eine Hackergruppe von Assassinen, die den Spieler durch die Heimkonsole Helix kontaktieren. Er wird beauftragt mehr über das Leben von Arno Dorian herauszufinden und somit dem Assassinenorden zu helfen.
Binnenhandlung
Das Spiel spielt im Paris des 18. Jahrhunderts zur Zeit der Französischen Revolution. Man spiel den jungen Assassinen Arno Dorian, welcher sowohl französische als auch österreichische Vorfahren hat. In seiner Jugend erlitt er einen schweren Verlust, da sowohl sein Vater, als auch sein Stiefvater unter mysteriösen Umständen ums Leben kamen. Einzig seine Adoptivschwester Elisé ist ihm noch geblieben. Auf der Suche nach Antworten und Rache tritt er der Bruderschaft der Assassinen bei, um die wahren Kräfte hinter der Französischen Revolution aufzudecken. Im Verlauf des Spiels wird man wieder auf einige historische Persönlichkeiten wie Maximilien de Robespierre, den Marquis de Sade sowie Napoleon treffen.
